南京大学党委武装部成立于1962年，是校党委军事工作的职能部门，根据国家有关法律法规，负责学校军事课教学、国防教育和国防生培养工作。武装部先后与体育部、保卫处合署办公，2013年10月独立。
1985年根据中央八个部委的文件精神，南京大学成立军事教研室，与武装部合署办公，按教学大纲的要求，从事军事理论教学研究工作。武装部与军事教研室为两块牌子，一套班子，现有人员4人。
武装部与军事教研室主要工作：组织本科新生开展军事训练；开展本科生军事理论教学与研究；开展国防教育活动；进行民兵整组与训练；组织征兵；做好人防工程管理；加强国防生培养。
南京大学是教育部首批学生军训试点单位之一。二十多年来，在上级部门领导下，学校在军事技能训练和军事理论教学方面，形成了南京大学特色；将军事课程作为必修课，计3个学分，纳入学校教学计划，按教学大纲要求进行严格教学，取得了良好的教学效果。
南京大学国防教育工作，得到上级肯定，多次被江苏省、南京市评为先进单位，2013年被江苏省授予“首批国防教育示范学校”。
南京大学2002年与总参签订国防生培养协议，十多年来，为部队输送了数百名合格人才，为部队建设建功立业。